Embora os procuradores de Sintra às Cortes de Santarém, em 1468, falassem na necessidade de manutenção do relógio da Vila, julga-se que não se tratava do actual inscrito na Torre, já que nos desenhos de Duarte d’Armas (1507), não aparece qualquer representação. Assim, alguns historiadores apontam o final do reinado de D. Manuel I, ou inicios do de  D. João III, talvez coeva da construção da Sala dos Brasões do Paço Real.
Certo é que a Torre do Relógio ficou bastante danificada com o terramoto de 1755, razão pelo qual apresenta , ainda hoje, uma traça eminentemente pombalina. Anexa à antiga Cadeia, que funcionava onde estão, actualmente, instalados os Correios e que foi transferida apenas em 1911, a Torre do Relógio cumpria, para além da sua função óbvia de dar horas, chamar o povo em caso de sinistro, de necessidade  política, ou quando algum preso se evadia.